Még csupán két év telt el mióta hőseink megmentették a Mona Lisát, de Maurice, az egér alig várja, hogy újra bebizonyítsa ügyességét. Barátai, Vincent és Kleopátra immár két csintalan kiscica szülei, és izgatottan várják az újabb kalandokat. Maurice egy elhagyatott pincében turkálva egy ősi papiruszra bukkan, rajta egy térképpel az egyiptomi dzsinnhez vezető útról. A bökkenő, hogy a dzsinn ezer évente csak egy kívánságot teljesít, és minden szereplőnk mást szeretne. A kis csapat útnak indul Egyiptomba, és miközben új barátokat és ellenségeket szereznek, utazásuk során meglátogatják a fenséges piramisokat, leutaznak a Níluson egy hatalmas óceánjárón, és felfedezik Luxor titkos alagútjait is.

A nagy sikert aratott első részhez hasonlóan, a Macskák a múzeumban 2. – Egyiptom kincsei is szórakoztató módon ismerteti meg a legkisebbekkel az ókori Egyiptom megannyi legendáját, és képzőművészeti alkotását. A film mindemellett olyan univerzális értékeket közvetít, mint a barátság, a család, és az összetartás fontossága.