A háború lenullázta Japánt, Godzilla pedig mínuszba lökte. Két év telt el, és az ország pedig fájdalmas küzdelmek árán próbál talpra állni, hogy végre visszatérhessen a mindennapokhoz. Ám amikor az emberiségnek végre sikerül kivívnia a békét, új fenyegetés csap le rá, és egyetlen pillanat alatt szétzúzza minden reményét. Nincs harmadik esély. Itt ér véget minden.